他立刻告给桂芳，但是他还是说：“但仆自来未经此地，不悉其曲折，独以意度如此，谩呈以备采择。”（书牍九《答河道吴自湖计分淮导河策》。按题衔误。）桂芳当然是明白情形的，他看到黄河洪水已退，淮水归流，便据实见告，根本打销纵淮入江之议。居正取消自己底动议，只提出治水底苦心。他说：
辱翰示，知淮已归流，水势渐退，慰甚。河患自古记之，有非人力所能胜者，但仆今谬当大任，一闻愁叹哀号之声，痛心疾首，虽智力短浅，济时无策，然不忍坐视民之失所，而不思以拯救之也。淮水既已会河，则导江之说，无烦再议。（书牍九《答河道吴自湖》。按题衔误。）
居正底负责和虚心，在这一次里，完全表现出来。他不是水利专家，但是他能任用专家，并且发动政治的力量，做专家底后盾。因为不是专家，所以他底主张，不一定正确，但是在他发现错误以后，他立刻修正，这正是他底优点。关于黄、淮水利的事，万历六年，潘季驯提出他底定律。他说：“淮清、河浊，淮弱、河强。河水一斗，沙居其六，伏秋则居其八，非极湍急，必至停滞。当借淮之清，以刷河之浊，筑高堰束淮入清口，以敌河之强。使二水并流，则海口自浚，即桂芳所开草湾，亦可不复修治。”到季驯手里，理论方面有了根据，事业方面也有了成绩，这才不愧为水利专家，而任用季驯的，也是居正。
万历四年十月，居正因九年考满，奉旨加特进左柱国，升太傅，支伯爵俸。一切当然只是循例的升转，但是居正四赐恩命，中间还曾一度奉到神宗手诏：
谕元辅，先生亲受先帝遗嘱，辅朕冲年。今四海升平，四夷宾服，实赖先生匡弼之功。先生精忠大勋，朕言不能述，官不能酬，惟我祖宗列圣，必垂鉴知，阴祐先生子孙，世世与国咸休也。兹历九年考绩，特于常典外，赐银二百两，坐蟒、蟒衣各一袭，岁加禄米一百石，薄示褒眷，先生其钦承之，勿辞。（见奏疏五《考满谢手敕加恩疏》）
最后居正还是坚决地辞却，他说：
缘臣前岁以辽东大捷，荷蒙圣恩，欲加升荫，臣具疏辞免，中间引古侠士酬报知己之义，以及人臣敬事后食之心，每欲事过所受，功浮于食，犬马之诚，于是乃安；自今凡非分之恩，逾格之赏，无复滥及，庶大义克尽，微志获伸等因，已荷圣明，俯垂矜允，又特加纶奖，风励臣工，是臣之微忱，既已仰孚于圣鉴，臣之愚忠，又已盟心而自许矣。乃今未有尺寸之效，以自副其功浮于食之心，而非分之恩，逾格之赏，又复滥及，则臣向之所以陈辞者，不过矫饰之虚言，而皇上之所以许臣者，亦未为相信之深矣。臣不敢自背其言，上以欺主，外以欺人，故不避烦渎，沥血陈诚，必望圣慈，特垂俞允。倘微志终伸，即通侯之爵未为荣，万鍾之乐不为富矣。臣屡冒天威，无任战栗陨越之至。（奏疏五《三辞恩命疏》）
经过这样地恳切陈辞，神宗准予辞免太傅及伯爵俸，其余特嘱接受。这一次居正底奏疏，令人联想到诸葛亮《与李严书》。诸葛亮底大志，是辅佐后主，讨平曹魏，在大功没有完成的时候，李严论为诸葛亮宜受九锡，封王。诸葛亮和他说道：“吾与足下相知久矣，可不复相解。足下方诲以光国，戒之以勿拘之道，是以未得默已。吾本东方下士，误用于先帝，位极人臣，禄赐百亿，今讨贼未效，知己未答，而方宠齐、晋，坐自贵大，非其义也。若灭魏斩睿，帝还故居，与诸子并升，虽十命可受，况于九耶？”（《三国志李严传注》）居正底屡辞恩命，也许不是模仿诸葛亮，但是也许竟是模仿。他们同样地辅佐幼主，同样地有绝大的抱负。在抱负没有实现以前，他们同样地拒绝过分的恩赐。假如居正竟是模仿诸葛亮，毕竟他找到一个绝好的榜样。正因为自己力辞厚赏，始可以督促一般政府官吏底上进。在这一点，更发生政治的作用。居正曾因为宣府巡抚吴兑请求恩赐部属，和他说起：
辱翰示，一一领悉，即嘱本兵为之区处。但有功必叙，有劳必酬者，朝廷厚下之仁；敬事后食，先劳后禄者，人臣自靖之义。若铢铢???两两，计功程劳，以责望于上，似非所谓怀仁义以事君者也。仆以菲薄，待罪政府，每日戴星而入，朝不逞食，夕不逞息，形神俱瘁，心力并竭，于国家岂无尺寸效？然自受事以来，力辞四荫，独守旧官，每一蒙恩，辄夔夔栗栗，不能自宁，非矫也，诚以国恩难报，而臣子虽鞠躬尽瘁，不过自尽其所当为，本无功之可言也。公所欲为诸君处者，自见鼓舞用人之道：而区区所云，似亦为人臣之所当知也。冒昧吐沥，惟高明采之。（书牍七《答督抚吴环洲言敬事后食之义》）
在万历四年、五年的中间，国家大事须提及者尚有边防和条编。
实际讲，到了这个时候，边防底局势已经大定。鞑靼首领俺答已经归顺了，因此北方减少一个最大的威胁。固然俺答部下不是没有些少的侵扰，但是对于小小的出入，居正只是抱定耐烦的宗旨。他认为即在本国，不时还有“盗贼”突发，对于鞑靼武士底小骚扰，他有时竟是置之不问，不过大棒还在手中，他准备随时出击，因此宣大北边，永远得到安宁。一切的胜着，都在把握之中；他和宣大总督方逢时说：
往时庙堂无定见，一闻浪语，即为之动摇，譬之低棋，随敌向往，应手即下。今则不然，吾审势已定，窥敌观变，或无事而自补，或弃于而求先，此今日之局面也。诸公当事者，宜审计焉。（书牍八《与总督方金湖以弈谕处置边事》）
但是尽管胜算在握，他对于俺答还是主张待之以诚。为什么待之以诚？因为俺答已经不是明朝底敌人，所以居正主张开诚布公。山西的穷民，逃到鞑靼去了。山西巡抚崔镛和居正说，要向俺答讨回：他还豫备万一俺答拒绝送回的时候，种种的对策。居正只和他说：“盖今之虏情，与昔不同。昔未臣服，故可用计处，今既为一家，又当待之以信，谕之以理。”居正提出怎样派人向俺答讨回；他要通事对俺答说：“王如晓事，宜将此人及其党与，执送军门。朝廷必鉴王之诚款，和好益坚，赐赉愈厚：何为纳此无用之人，听其妖妄之说，而坏已成之功，失永久之利哉？”居正又说：
彼闻此言，势必听从。即彼不从，我常持此以责让之，使曲在彼，则我之威信，亦无所失。量此幺麽干得甚事！今板升之人如此辈者，何啻千万，即索之而不得，亦恶足为轻重乎？彼虽犬羊，亦不可欺。用术以求之，或未必得，而彼反持此以诳我矣。（同卷《答山西崔巡抚计纳叛招降之策》）
居正对于俺答，完全是一边开诚，一边布置，因此在威德兼济的形态下面，俺答和明朝，永远处在和平相安的地位。至于他对整个鞑靼的形势，还是抱定分化的政策。他和方逢时说：“大约虏情，只要涣之，无令得合而已。”（书牍八《答蓟辽总督方金湖》）万历四年，俺答和察罕闹反了，居正便说：“近闻虏酋与察罕，构隙日深，此正吾用奇之日，使之祸结而不可解，则蓟辽之间，可以安枕，而西镇之贡市愈坚矣。宜多方以间之，他日奇功伟绩，必为公所收矣。”（同卷《答方金湖》）总之鞑靼部落愈加分散，每一部分底力量便愈加薄弱，而对于朝廷的依赖便愈加深刻。这是这一个时期中居正对外的政策。在执行这个政策的时候，他甚至吩咐沿边督抚，遇到俺答和其他部落发生战祸的时候，给他假道的便宜。（见书牍九《答甘肃巡抚侯掖川计套虏》）
居正感到棘手的，还是辽东。这方面的土蛮和中国处在敌对的地位，他们随时可以联络俺答的部下，但是在鞑靼可以并成大帮，进击辽东的时候，蓟镇和辽东，因为三卫所隔，始终不能呵成一气，这是地形上的劣势。因此万历四、五年间，居正底目光，完全集中到辽东。他在隆庆初年注重蓟镇，隆庆中年注重宣大，现在注重辽东，一切都是时局底结果。在注意到辽东的时候，辽东巡抚张学颜，辽东总兵李成梁，都成为心目中的人物。他和学颜说：
辱示虏情，俱悉。公所以应之者，诚为得策矣。今全虏之祸，咸中于辽，连岁彼虽被创，我之士马，物故亦不少矣。彼既愤耻，必欲一逞，今秋之事，殊为可虞。昨已属意本兵，于贵镇兵食，比他镇尤当留意。临期若的知虏贼所向，当令蓟人助守宁前，使公等得专备东方。如犯宁前，则东西夹击。再一创之，则彼破胆而不敢东窥矣。公幸时时喻意李帅，大将贵能勇能怯，见可知难，乃可以建大功，勉之慎之。为国任事之臣，仆视之如子弟，既奖率之，又宝爱之，惟恐伤也。惟公垂亮焉。（书牍八《答总督张心斋计战守边将》。按题衔误。）
居正对于鞑靼的政策，有利诱，也有威胁。在斗争的状态中，朝廷有的是大将和边墙，进可以攻，退可以守；这是威胁。朝廷有的是鞑靼日常生活必需的物资，在和平的状态下，可以互市；鞑靼以剩余的马匹，换取必需的物资，博得绝大的利益；这是利诱。俺答和河套鞑靼在这个状态中屈服了。但是辽东边外的土蛮采取一种和俺答相反的政策。他们也要开市，但是不肯屈服。他们有弓矢和其他的武器，要凭他们底武力，压迫朝廷开市。这不是居正受得了的。为什么要开源节流，练兵筹饷呢？居正不但准备抵抗，而且准备随时出击。这是他对们士蛮的政策。也就是他重用李成梁的由来。